W czasie wojny domowej prześladowania Kościoła znacznie się nasiliły. Egzekucje osób duchownych lub nawet świeckich deklarujących przywiązanie do katolicyzmu zaczęły przybierać charakter masowy – zamordowano około 7000 osób duchownych. Ubocznym efektem prześladowań Kościoła było zniszczenie wielu dokumentów narodzin, małżeństw, zgonów, ponieważ rejestry takie prowadzono przy kościołach. Niszczenie kościołów wiązało się z niszczeniem kościelnych dokumentów. Republikanie zostali pokonani. Zwycięski generał Francisco Franco przywrócił dawną rolę Kościoła. Katolicyzm stał się wyznaniem uprzywilejowanym. Prawo narzucało też wymagane przez katolicyzm wzorce obyczajowe. Obowiązywał zakaz rozwodów, zabronione były czyny homoseksualne. Ustanowiona cenzura, obok charakteru politycznego miała też silny charakter obyczajowy. Na banknotach widniały podobizny papieży.
Po śmierci Franco w 1975 nastąpiły zmiany zmierzające do demokratyzacji kraju. Przyjęto konstytucję, w której Kościół katolicki nie zajmuje już pozycji uprzywilejowanej, dopuszczalna, a nawet zalecana jest natomiast współpraca państwa z Kościołem. Kościół otrzymuje dotacje od państwa (np. na utrzymanie budynków kościelnych, które często jednocześnie stanowią dzieła sztuki).