10 maja ponownie został ukarany czerwoną kartką, tym razem z powodu brutalnego faulu na Arturze Sobiechu, który miał miejsce podczas przegranego 0:2 spotkania z Polonią Warszawa. Dwa dni później Komisja Ligi ukarała go za to przewinienie trwającym sześć spotkań zawieszeniem. Karę na zawodnika nałożyła także sama Jagiellonia, która nakazała Cionkowi zapłacić grzywnę w wysokości 15 tysięcy złotych, a także oddelegowała go do dziesięciogodzinnej pracy z młodzieżą. Ostatecznie rozegrał on w trakcie całych rozgrywek 26 spotkań, a Jagiellonia znalazła się na 4. miejscu w tabeli Ekstraklasy.
Sezon 2011/12 Jagiellonia ponownie rozpoczęła od udziału w Lidze Europy. Tym razem odpadła w 1. rundzie eliminacyjnej po przegranym 1:2 dwumeczu z kazachskim Irtyszem Pawłodar. W obu spotkaniach Cionek grał przez pełne 90 minut. 11 września w przegranym 2:3 spotkaniu z Polonią Warszawa strzelił bramkę samobójczą, a pięć dni później podczas przegranego 1:4 meczu z Lechem Poznań ponownie trafił do własnej siatki. Trzeciego w sezonie gola samobójczego strzelił 11 listopada w przegranym 0:2 meczu ze Śląskiem Wrocław. Pierwszą w trwających wówczas rozgrywkach bramkę dla Jagiellonii zdobył 23 marca 2012 w wygranym 4:1 spotkaniu z Widzewem Łódź. Sezon zakończył z 32 występami na koncie oraz jednym golem, zaś Jagiellonia uplasowała się na 10.