Historia Ich pogłowie wywodzi się z populacji półdzikich, które na obszarze Polski przetrwały do końca XIX wieku. Dzikimi przodkami koników polskich były tarpany, podobne do odkrytych w Azji przez rosyjskiego badacza Nikołaja Przewalskiego w 1876 roku koni Przewalskiego. Zamieszkiwały one do końca XVII wieku lesiste obszary wschodniej Polski, Litwy i Prus. Intensywne polowania doprowadziły do znacznego zmniejszenia liczebności tych koni; przed całkowitym wyginięciem uchroniły je dopiero działania ochronne, w tym utworzenie rezerwatów oraz planowa hodowla. W okolicach Puszczy Białowieskiej przetrwały do 1780 roku, kiedy to zostały odłowione i umieszczone w zwierzyńcu hrabiów Zamoyskich koło Biłgoraja. Około 1806 roku, z powodu panującej biedy, zostały one rozdane okolicznym chłopom. W 1914 roku Jan Grabowski i Stanisław Schuch opisali małe chłopskie myszate koniki z okolic Biłgoraja.
Profesor Tadeusz Vetulani wprowadził nazwę „konik polski”, wysunął także hipotezę o istnieniu odmiany leśnej tarpana. Dzięki jego staraniom w roku 1936 zaczęto odtwarzać konika o typowych dla tarpana cechach w warunkach rezerwatowych w Puszczy Białowieskiej. Wcześniej sprowadził konie z Biłgoraja.