Drugą, do której przychyla się aktualnie większość historyków jest depresja, na którą cierpiało wielu członków jego rodziny i sam Bochenek od lat młodzieńczych. Leczył się farmakologicznie nieznaną substancją i zmarł w wyniku przedawkowania. Pochowany jest na cmentarzu Rakowickim w grobowcu rodzinnym (kwatera 21).
Nekrologi napisali Adam WrzosekWrzosek A. Adam Bochenek, profesor Wszechnicy Jagiellońskiej (1875–1913). Wspomnienie pośmiertne. Lwowski tygodnik lekarski 8, 27 (1913)., Emil GodlewskiGodlewski E. Ś.p. Prof. Dr Adam Bochenek. Przegląd lekarski 52, 22, s. 325–327., Józef ZawadzkiZawadzki J. Ś.p. Prof. Adam Bochenek. Medycyna i Kronika lekarska 48, 24, s. 468–469 (1913)., Stanisław MaziarskiMaziarski S. Ś.p. Prof. Dr Adam Bochenek. Nowiny Lekarskie 25, 7, s. 389–394 (1913).. Pamięci Adama Bochenka poświęcił swoją książkę Roman DyboskiRoman Dyboski: O sonetach i poematach Szekspira. Gebethner & Wolff, 1914..