Megumi Ogata, która zagrała Shinjiego, uznała ostatnią scenę Air/Magokoro o, kimi ni za trudną do wykonania. Ogata uważa tę rolę za jedną z jej „najbardziej pamiętnych”.
W mediach Neon Genesis Evangelion (serial anime) Po stracie Yui, Gendo zostawił Shinji’ego z jego nauczycielem i skupił się na rozwoju „Projekcie Evangelion”. To osamotnienie spowodowało, że Shinji zaczął unikać trudnych do rozwiązania sytuacji i uciekać od wszelkich problemów. Często słucha muzyki na swoim odtwarzaczu ze słuchawkami, odcinając się od świata zewnętrznego. Shinji, w niektórych aspektach, jest przeciwieństwem Asuki, jednak nie w takim stopniu w jak Rei.
Shinji zostaje wplątany w wojnę NERVu przeciw Aniołom kiedy jego ojciec wysyła mu list z identyfikatorem NERVu i dopiskiem „Przyjdź! Ikari Gendo”. Kapitan Misato Katsuragi przewozi go do GeoFrontu. Shinji przystępuje do walki w Jednostce 01, zastępując ciężko ranną Rei. Gendo oczekuje od Shinji‘ego tylko pilotowania Evangeliona i relacje pomiędzy ojcem a synem są bardzo chłodne przez najbliższych kilka miesięcy. Shinji’emu udaje się zdobyć przyjaciół – Toji‘ego i Kensuke, a także zawiązać coś więcej niż przyjaźń z Rei;