Na przejściu obowiązują surowe przepisy bezpieczeństwa, związane z licznymi zamachami terrorystycznymi dokonywanymi w tym miejscu.
Izraelskie służby bezpieczeństwa odradzają wszystkim zagranicznym turystom odwiedzanie Strefy Gazy, która znajduje się pod kontrolą palestyńskiej organizacji terrorystycznej Hamas. W okresach niepokojów rząd Izraela wydaje polecenie zamknięcia wszystkich przejść granicznych ze Strefą Gazy i obszar ten może być wówczas uznany za strefę prowadzonych działań wojskowych. Osoby pozostające na tym obszarze ryzykują porwanie, aresztowanie, albo urazy i śmierć.
Historia 20 marca 2006 przejście graniczne Kerem Szalom zostało użyte do dostarczenia ładunków pomocy humanitarnej z Egiptu do Strefy Gazy. Wielokrotnie dochodziło tutaj do przemytu materiałów niebezpiecznych, które często były ukrywane pomiędzy produktami dostarczanymi w ramach międzynarodowej pomocy humanitarnej.