Geneza 31 stycznia 2009 urząd prezydenta Somalii objął Sharif Sheikh Ahmed po wygranych wyborach prezydenckich. Ahmed wywodzi się z Unii Trybunałów Islamskich, która walczyła przez 3 lata z wojskami prezydenta Abdullahi'iego Yusufa, który podał się do dymisji 28 grudnia 2008. Następnie wojska etiopskie wspomagające Yufusa wycofały się w styczniu 2009.
4 lutego 2009 cztery grupy islamistów, włączając w to grupę Hassana Dahira Awejs należącą do Sojuszu na Rzecz Wyzwolenia Somalii (ASR), połączyła się i sformowała organizację nazwaną Hizbul Islam. Celem powstałej organizacji była walka z nowym rządem Sharifa Ahmeda. 8 lutego 2009 roku Hizbul Islam wypowiedział wojnę rządowi Ahmeda oraz siłom pokojowym Unii Afrykańskiej. Do wojny dołączyli radykałowie z ugrupowania Asz-Szabab, którzy w poprzedniej fazie wojny wspierały Unię Trybunałów Islamskich i ASR.
Walki Ofensywa rebeliantów 7 maja bojówki walczące później w centralnej części kraju, zainicjowały szturm na Mogadiszu. W bitwie trwającej równolegle z ofensywą w centralnej Somalii rebelianci uzyskali kontrolę nad większością miasta, lecz nie obalili rządu.