24 listopada 2003 ukazało się pierwsze wydane nakładem związanej z Brandesem wytwórni wydawnictwo zespołu, singel „Tough Enough”. Piosenka dotarła do czołowej dwudziestki list przebojów w Finlandii, Niemczech i Austrii. Niedługo później kobiety wydały kolejne dwa single, „Don’t Go Too Fast” (22 marca 2004) i „Liar” (24 maja 2004). Wszystkie te single zapowiadały drugi album studyjny Vanilla Ninja, Traces of Sadness, który trafił do sprzedaży 7 czerwca 2004. Album odniósł względny międzynarodowy sukces pokrywając się złotem w Niemczech i w Austrii (w rodzimej Estonii osiągnął poziom platyny). W Polsce natomiast stał się do tego stopnia popularny, że zdecydowano się wydać jego specjalną, dwupłytową edycję zawierającą teledyski oraz multimedialne dodatki związane z zespołem. W połowie 2004 z powodu zajścia w ciążę z zespołu odeszła Maarja Kivi, a jej miejsce zajęła Triinu Kivilaan. Latem tego roku kobiety nagrały w nowym składzie teledysk do singla „When the Indians Cry”, który wydano 23 sierpnia 2004. Siedem dni później ukazał się z kolei pierwszy album wideo zespołu, Traces of Sadness (Live in Estonia), a 15 listopada tego samego roku – singel „Blue Tattoo”.
Lata 2005–2008: Blue Tattoo, Love Is War, zawieszenie działalności