W latach 1776–1791 wzniesiono na miejscu pogorzelska nową świątynię – również drewnianą, jednonawową, z pojedynczą wieżą. Poświęcił ją 12 maja 1825 biskup Tomasz Ziegler. Przetrwała jedynie do 1909, kiedy to została rozebrana, aby zrobić miejsce pod budowę obecnej bazyliki, która miała sprostać nasilającemu się ruchowi pielgrzymkowemu.
Historia bazyliki limanowskiej Świątynia została wybudowana w latach 1910Za: Sanktuarium Matki Boskiej Bolesnej (inne źródła jako datę rozpoczęcia budowy podają lata 1912 i 1914).–1918 jako wotum na 100. rocznicę Konstytucji 3 maja, z inicjatywy ówczesnego proboszcza parafii limanowskiej, ks. Kazimierza Łazarskiego, według projektu Zdzisława Mączeńskiego. Architekt inspirował się architekturą sakralną Węgier i Finlandii, w tym katedrą w Tampere. Kościół został konsekrowany 6 października 1921 roku przez biskupa tarnowskiego Leona Wałęgę.
3 maja 1991, w rocznicę uchwalenia Konstytucji 3 Maja, papież Jan Paweł II podniósł kościół w Limanowej do rangi bazyliki mniejszej.