Do najwybitniejszych należą: drugie wejście na Wysoką z pierwszym zejściem przez Pazdury (1876 z Sieczką i Adamem Asnykiem), pierwsze wejście na Szatana (1880), pierwsze wejście na Mnicha (1879 lub 1880), wejście nową drogą na Łomnicę (1878), wejście nową drogą z Doliny Dzikiej na Durny Szczyt (1881). Prowadził też badania speleologiczne w Tatrach, jako pierwszy opisując jaskinie w Dolinie Kościeliskiej, m.in. pierwszy zbadał Jaskinie Pawlikowskiego oraz Jaskinię Lodową w Ciemniaku. Był jednym z głównych orędowników utworzenia na terenie Tatr parku narodowego.
Pawlikowski był bardzo aktywnym członkiem Towarzystwa Tatrzańskiego, w którego ramach stworzył i ujednolicił nazewnictwo tatrzańskie, obowiązujące do dziś. W 1913 r. stworzył program taternicki z opisem zasad wspinaczki i turystyki górskiej. Zasady te dekadę później przyjął Niemiecko-Austriacki Związek Alpejski, a w 1930 r. Międzynarodowa Unia Alpejska. W 1934 roku opublikował w „Wierchach” szkic Z dziejów poezji tatrzańskiej. Interesował się sztuką Podhala. Jako gorący orędownik zachowania pierwotnego charakteru Tatr i folkloru góralskiego opracował „Przyszłe zadania Towarzystwa Tatrzańskiego” (1913). W 1912 zainicjował Sekcję Ochrony Tatr Towarzystwa Tatrzańskiego, która powołała Ochotniczą Straż Górską. Opublikował fundamentalne prace o ochronie przyrody, m.in.