Erik Seiffert i współpracownicy (2009) stwierdzili, że holotyp Darwinius jest osobnikiem młodocianym, większość kości jest zmiażdżonych, a wielu cech odgrywających kluczową rolę w ewolucji naczelnych nie można stwierdzić, co stwarza problemy przy wykonywaniu analizy filogenetycznej. Analiza przeprowadzona przez autorów po odkryciu skamieniałości Afradapis – przedstawiciela Adapiformes żyjącego około 37 mln lat temu w Afryce – mocno wsparła wcześniejszą hipotezę dotyczącą pokrewieństwa Adapiformes, zgodnie z którą należą one do Strepsirrhini, a nie Haplorrhini. Według analizy Afradapis i Darwinius są ze sobą blisko spokrewnione, a Adapiformes znajdują się na drzewie filogenetycznym daleko od Haplorrhini – są bazalnymi przedstawicielami Strepsirrhini. Również Williams i współpracownicy (2010) nie wsparli hipotezy o przynależności Adapiformes do Haplorrhini i stwierdzili, że jako naczelny spokrewniony bliżej z lemurami niż z ludźmi ma niewielkie znaczenie dla poznania ewolucji Haplorrhini. Gingerich i inni naukowcy z zespołu, który opisał Darwinius, nie zgodzili się z opiniami poprzednich autorów o zmiażdżeniu kości „Idy” i ponownie zasugerowali, że takson ten należy do Haplorrhini, a nie Strepsirrhini.