Perzanowski był członkiem następujących stowarzyszeńJanusz Sytnik-Czetwertyński, red.: Rozważania o filozofii prawdziwej. Jerzemu Perzanowskiemu w darze, Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego, Kraków, 2009.: Polskie Towarzystwo Filozoficzne, Komitet Nauk Filozoficznych PAN, Polskie Towarzystwo Semiotyczne, Polskie Towarzystwo Logiki i Filozofii Nauki, Towarzystwo im. L. Wittgensteina, Polskie Towarzystwo Kognitywistyczne, Association for Symbolic Logic, American Metaphysical Society, Society for Advancement of American Philosophy, Gesellschaft für Analytische Philosophie, European Society for Analytic Philosophy, Society for Exact Philosophy, Philosophia Scientifica, Association for the Foundations of Science.
Jerzy Perzanowski był także członkiem komitetów naukowych następujących pism: Reports on Mathematical Logic, Logic and Logical Philosophy, Studia Logica, Filozofia Nauki, Euro-pean Yearbook of Philosophy, Axiomathes, Logical Analysis and History of Philosophy, Western Philosophy Series, Metaphysica, Kognitywistyka i media w edukacji, Principia, Roczniki Filozoficzne TN KUL, Polish Philosophical Review, Logique et Analyse, Polish Journal of Philosophy.