Serafin gromadził również dokumenty i materiały dotyczące prześladowań Cerkwi prawosławnej przed II wojną światową.
6 września 1944 został aresztowany razem z o. Grzegorzem (Kudarenką) w Grodnie i po wstępnym przesłuchaniu przewieziony do więzienia w Mińsku. Oskarżono ich o współpracę z Sicherheitsdienst, pobyt w więzieniu wywołał u niego chorobę serca. Dziesięciomiesięczne śledztwo nie przyniosło żadnych dowodów winy, mimo tego 7 lipca 1945 został skazany na pięć lat łagru w obwodzie gorkowskim. W rok później zmarł w obozie. 22 kwietnia 1994 został całkowicie zrehabilitowany.
Kanonizacja 28 października 1999 roku Święty Synod Białoruskiego Kościoła Prawosławnego z błogosławieństwem Patriarchy Moskwy i wszechrusi Aleksego II archimandryta Serafin (Szachmuć) został zaliczony do grona 23 miestnocztimych Nowomęczenników ziemi Białoruskiej, a dniem jego pamięci wyznaczono 15/28 października (zależnie od używanego kalendarza).
W roku następnym został ogłoszony świętym także przez Sobór Archijerejski Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.