6 marca 1992 roku zakład przekształcono w jednoosobową spółkę skarbu państwa pod nazwą Fabryka Dywanów „Kowary” S.A., a 12 września 1995 roku jej akcje spółki wniesiono do Piętnastego Narodowego Funduszu Inwestycyjnego, który od 1996 roku nosił nazwę Narodowy Fundusz Inwestycyjny „Hetman” S.A..
Okres restrukturyzacji spółki w latach 90.XX wieku powodował znaczne problemy ekonomiczne, który wymusiły znaczną redukcję kosztów, w tym redukcję zatrudnienia.
Fabryka została zamknięta w 2009 roku. Dywany z Kowar trafiały na rynek zarówno krajowy, jak i międzynarodowy, głównie brytyjski. Do końca lat osiemdziesiątych poważnym odbiorcą zagranicznym produktów z kowarskiej fabryki był m.in. ZSRR.
W Kowarach utkano dywan, który od 1969 zdobił Salę Kolumnową Pałacu Prezydenckiego w Warszawie. Ma 180 metrów kwadratowych, jest utkany z wełny. Ze względów estetycznych 19 stycznia 2009 zastąpiono go nowym wyprodukowanym w Białymstoku. Obecnie ze względu na wartość historyczną kowarski dywan z pałacu eksponowany jest w salach Muzeum Włókiennictwa w Łodzi.
24 czerwca 2018, w jednej z części Fabryki Dywanów, otwarto Muzeum Sentymentów, którego tematem przewodnim stała się właśnie fabryka i kowarski dywanMuzeum Sentymentów w Kowarach.