W dalszym ciągu mieszkał w domu wspólnoty w Trosly-Breuil, był aktywny publicznie, przypominał o konieczności zagwarantowania osobom z upośledzeniem umysłowym godnych warunków życia i należnego miejsca w społeczeństwie, podkreślając, że chodzi nie tyle o „zajmowanie się” osobami niepełnosprawnymi, co wspólne życie z nimi.
W 2015 uhonorowany Nagrodą Templetona, a w 2016 r. wstęgą Komandora Orderu Legii Honorowej. Pochowany na cmentarzu w Trosly-Breuil.
Wykorzystywania seksualne kobiet 22 lutego 2020 r. kierownictwo L’Arche International poinformowało w komunikacie prasowym o wynikach dochodzenia, które na ich zlecenie przeprowadziła niezależna brytyjska organizacja GCPS w sprawie działalności Jeana Vaniera oraz jego związków z ojcem Thomasem Philippe’em, którego uważał za swojego duchowego mentora. Dochodzenie objęło lata 1970–2005 i ujawniło wiarygodne i spójne świadectwa sześciu dorosłych kobiet, z których każda poinformowała, że Jean Vanier, prowadząc podwójne życie nawiązał z nimi stosunki seksualne. Kobiety nie miały wzajemnie wcześniej żadnej wiedzy o sobie. Zgłosiły podobne fakty wykorzystywania seksualnego, manipulacji w sferze emocjonalnej. Relacje wywarły znaczący negatywny wpływ na ich życie osobiste i późniejsze relacje.