Niestety wszyscy żołnierze oprócz głównego bohatera zginęli, przez co musi on zniszczyć potwory w pojedynkę.
Przed rozpoczęciem gracz ma do wyboru cztery ścieżki z łatwym, średnim i trudnym poziomem umiejętności, aby osiągnąć poziom umiejętności Nightmare (opisany w instrukcji gry jako „tak zły, że został ukryty, aby ludzie nie wchodzili tam przez przypadekID Software. Quake (instrukcja do gry), strona 3. ID Software, 1996.”), gracz musi spaść w wodzie przed wejściem do 4 epizodu na zagiętą belkę, skręcić po belce w bok, i na końcu belki wejść do tajnego przejścia.
Po zakończeniu każdego epizodu gracz wraca do początkowego poziomu, gdzie może wybrać kolejny. Każdy epizod rozpoczyna się bez wcześniej zebranych broni i przedmiotów. Po ukończeniu wszystkich czterech epizodów i zdobyciu czterech magicznych run na początkowym poziomie otwiera się podłoga ukazując wejście do ostatniego poziomu End.