Wynika to z faktu, iż nie wszystkie aspekty funkcjonowania aplikacji są objęte specyfikacją.
Standardowe API Standard Java Enterprise obejmuje obecnie interfejsy programistyczne do:
łączenia ze sobą oraz wdrażania komponentów tworzenia komponentów implementujących logikę biznesową w tym komponentów obsługujących komunikację asynchroniczną (EJB) obsługi komunikacji za pomocą komunikatów (JMS) dostępu do danych za pomocą mapowania obiektowo relacyjnego (JPA) zapewnienia transakcyjności operacji (JTA) zapewnienia bezpieczeństwa definiowania interfejsu użytkownika typu thin client (Servlet API, JSP, JSF) obsługi technologii XML-owych oraz usług sieciowych (JAX-WS, JAX-RPC, JAXB, SAAJ, StAX) wysyłania poczty (Java Mail)
Standardowe i alternatywne narzędzia Termin Java Enterprise jest często kojarzony z ogółem technologii umożliwiających tworzenie aplikacji typu enterprise. Wówczas pod pojęciem Java Enterprise rozumie się nie tylko zestaw standardowych interfejsów programistycznych i architekturą komponentową, lecz również narzędzia często wykorzystywane przy tworzeniu takich rozwiązań.