Były też formy mocno wyspecjalizowane jak niezwykły Pterodaustro z Ameryki Południowej, który miał bardzo długi dziób i cienkie zęby, którymi mógł filtrować wodę morską lub bogate w glony i skorupiaki słone jeziora jak flamingi.
Środowisko życia Pterozaury opanowały nie tylko wybrzeża, ale na pewno żyły w innych środowiskach lądowych jak lasy, góry lub nawet pustynie. Prawdopodobnie jak współczesne ptaki morskie zbierające się w duże stada na czas lęgów tak i pterozaury mogły tworzyć większe kolonie. Pogląd taki nie jest tylko teoretycznym przypuszczeniem, ale opiera na odkrytym stanowisku na pustyni Atacama w Chile, gdzie na bardzo niewielkiej przestrzeni znaleziono szczątki wielu małych pterozaurów.
Rozmnażanie Pterozaury były jak wszystkie archozaury zwierzętami jajorodnymi. W 2004 r. opublikowano opis skamieniałego zarodka z dolnej kredy sprzed około 121 milionów lat znalezionego w północno-wschodniej chińskiej prowincji Liaoning. Dobrze zachowane jajo trochę mniejsze od kurzego zachowało się w całości, ponieważ zarodek nie zdążył się wykluć. Prawdopodobnie nastąpiła erupcja wulkanu i dzięki temu jajo tak dobrze się zachowało. Bardzo dobrze zachowany szkielet, a widoczne kości ramion, klatki piersiowej oraz charakterystyczny wydłużony czwarty palec jednoznacznie wskazują na potomka pterozaura.