Budowa Pierwsze pterozaury miały w pełni uzębione szczęki i długie ogony, natomiast u form późniejszych nastąpiła redukcja ogona, a szczęki pozbawione zębów upodobniły się bardziej do dzioba. Prawdopodobnie rozwinęły aktywny lot od samego początku, ponieważ nie znaleziono żadnych form przystosowanych jedynie do lotu szybowego polegającego na rzucaniu się z drzew lub skał. Budowa ciała i nogi przypominają małego dwunożnego dinozaura. Chodząc po ziemi, utrzymywały pozycję pionową. Mniejsze prawie na pewno mogły biegać i skakać do lotu, trzepocząc skrzydłami. Największe musiały wznosić się podobnie jak olbrzymie współczesne ptaki: kondory. Ich skrzydła zbudowane były z błony skórnej rozpiętej między wydłużonym czwartym palcem (serdeczny) przedniej kończyny a bokiem ciała podobnie jak dzisiejsze nietoperze. Skrzydła długie i wąskie mogły częściowo składać się w locie, dzięki temu uzyskiwały większą zwrotność, szybkość i sterowność. Ich dobrze rozwinięty mostek utrzymywał silne mięśnie poruszające skrzydłami. Kości podobnie jak u ptaków puste w środku (pneumatyczne) były bardzo lekkie. Miały wielkie ażurowe czaszki, często wydłużone, prawdopodobnie przystosowane do łapania ryb, owadów i innej małej zdobyczy. Kostne grzebienie u niektórych gatunków były prawdopodobnie oznaką dymorfizmu płciowego.