W październiku 1927 wystąpił z PSL „Piast” (po przewrocie majowym), tworząc prorządowe Zjednoczenie Ludu Polskiego (nie było ono popularne wśród ludności wiejskiej). Wstąpił też do BBWR. W 1928 był marszałkiem seniorem Sejmu II kadencji (1928–1930), przeprowadzając wybór na marszałka Ignacego Daszyńskiego (lidera PPS). Z życia politycznego wycofał się w 1935.
Jakub Bojko został określony przez Władysława Orkana mianem Chłopskiego Skargi.
Ordery i odznaczenia Krzyż Komandorski z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski (6 czerwca 1936)M.P. z 1936 r. nr 133, poz. 243 („za wybitne zasługi na polu pracy obywatelskiej i społecznej”). Krzyż Komandorski Orderu Odrodzenia Polski
Upamiętnienie Z inicjatywy Józefa Putka wydana została seria znaczków pocztowych, m.in. z podobizną Jakuba Bojki.
W Krakowie, na osiedlu Kurdwanów Nowy, położonym w południowo-wschodniej części miasta, imieniem Jakuba Bojki nazwano jedną z głównych tamtejszych ulic. Jego imieniem nazwano także ulicę na obszarze Sanoka. W Szczecinie, w dzielnicy Pogodno, również jedna z ulic nosi jego imię.
W 2015 w Muzeum Budownictwa Ludowego w Sanoku zrealizowano fabularyzowany film biograficzny pt.