Początek lat 60. charakteryzował się rozwojem aparatu SB, który po stopniowym podniesieniu stanów etatowych (rozbudowa sekcji do poziomu wydziałów) ponownie zaczął pełnić dominującą rolę wobec jednostek milicyjnych. Rozszerzając swój zakres działania, pion bezpieczeństwa przejął także część zadań pozostających dotychczas pod kontrolą MO (rejestracja cudzoziemców, paszporty oraz przejściowo dowody osobiste), ponadto na kilka lat usamodzielnione zostały struktury odpowiadające za sprawy kadrowo-organizacyjne SB. Wzrost znaczenia nastąpił również w przypadku komórek technicznych wykonujących zadania zabezpieczenia operacyjnego na rzecz obu służb.
Kolejne zmiany miały miejsce w drugiej połowie lat 60. ze względu na reformę centrali polegającą na przejęciu logistycznego zaplecza KG MO przez odpowiednie komórki organizacyjne MSW. W KW MO utworzono wtedy etaty zastępców komendantów ds. administracyjno-gospodarczych, którzy przejęli nadzór nad jednostkami pomocniczymi obsługującymi piony operacyjne.