Seria 2 Eggman budzi stworzenie o imieniu Chaos z Głównego Szmaragdu. Zwierzęta toczą przegraną bitwę o odzyskanie Szmaragdów, dopóki Chaos nie wchłonie wszystkich siedmiu i staje się gigantyczny, ale dziewczyna kolczatka o imieniu Tikal, która tysiące lat temu pochowała siebie i Chaosa w Głównym Szmaragdzie, pomaga mu go uspokoić. Po tym, jak Sonic używa Szmaragdów Chaosu, aby zostać Super Soniciem, pokonuje Chaosa, który wraca do Głównego Szmaragdu z Tikal.
Niedługo potem Eggman znajduje w bazie wojskowej dziennik swojego dziadka Geralda Robotnika i stary projekt Geralda Shadow. Po przypadkowym uwolnieniu przez Eggmana Shadow włamuje się do muzeum, aby ukraść Szmaragd, co powoduje niesłuszne aresztowanie Sonica. Amy ratuje go, ale Shadow, Eggman i dwulicowa Rouge uciekają do ARK Kolonii Kosmicznej, gdzie Eggman grozi użyciem broni zwanej Działem Zaćmienia, aby zniszczyć Ziemię, jeśli Ziemia nie podda się jego rządom;