Geneza LTTE zdobył Mullaitivu w 1996 roku, po wygranej bitwie, w której straty wyniosły co najmniej 1639 żołnierzy zabitych lub zaginionych. Rebelianci wykorzystywali od tamtego czasu miasto jako główną bazę wojskową. W mieście mieściła się również duża baza morskich sił rebeliantów, Morskich Tygrysów.
Mullaitivu było głównym celem militarnym rządu podczas ofensywy trwającej od 2008 roku.
Bitwa 24 stycznia 2009 roku LTTE wysadziło zapory, powodując zalanie obszarów otaczających miasto. Rebelianci zbudowali także bariery ziemne otaczające miasto, które miały za zadanie utrudnić użycie czołgów.
Siły rządowe wkroczyły do miasta po zaciętej próbie oporu ze strony LTTE. Wojska lądowe zostały wsparte podczas przeprowadzania operacji przez uzbrojony helikopter należący do sił powietrznych Sri Lanki. Przeprowadzono także mały desant w zachodniej części Mullaittivu, przy użyciu małych łodzi. Pozostałości wojsk LTTE rozproszyły się na obszarze między osadami Vishwamadhu a Puthukkudiyiruppu.