W czerwcu tego samego roku (według różnych źródeł: w Homlu lub Smoleńsku) Czeka zatrzymała go pod zarzutem prowadzenia działalności kontrrewolucyjnej i uwolniła dopiero wtedy, gdy 5000 wiernych złożyło petycję z prośbą o uwolnienie popularnego kapłana.
W 1919 został biskupem mścisławskim, w 1922 tymczasowo administrował eparchią mohylewską. Na krótko przyłączył się do ruchu Żywej Cerkwi, który już w roku następnym porzucił. We wrześniu 1923 został biskupem pskowskim, administrował równolegle eparchią homelską. W 1924 został ponownie aresztowany i skazany na dwa lata więzienia, które odbył w Jarosławiu. W czerwcu 1927 został metropolitą Permu.
Po wydaniu przez metropolitę Sergiusza deklaracji o wierności Cerkwi prawosławnej wobec rządu Warłaam zdecydowanie zaprotestował i w lutym 1928 ogłosił zerwanie z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym. Metropolita Sergiusz odpowiedział 11 kwietnia, potwierdzając wykluczenie metropolity Permu (razem z innymi kapłanami, którzy go poparli) z Kościoła.