Infrastrukturą portową administruje Urząd Morski w Gdyni.
Miejscowe statki rybackie pływają z sygnaturą FRO na burcie.
Historia thumb|240px|Rycina z Altes und neues Preussen mały|Port w 1906 roku|240x240px W 1953 r. formalnie został ustanowiony port morski we FromborkuRozporządzenie Ministra Żeglugi z dnia 20 listopada 1952 r. ws. ustalenia granicy terytorialnej morskiego portu rybackiego we Fromborku ().. W 1972 roku wybudowano na zachód od starego basenu portowego nowy basen pasażersko-jachtowy. Nowy basen portowy miał tworzyć kilkusetmetrowy pirs, który zbudowano dla białej floty oraz dla jachtów. W nowym basenie pojawił się problem falowania i ruchów wody wywołanych przez statki pasażerskie, które spowodowały zamulanie się wejścia. Zamuliła się także i zarosła trzciną część brzeżna portu.
W 2005 r. wokół zachodniego falochronu i wejścia do portu (tj. dawnych granic portu), urząd morski ustanowił przystań morską, której obszar de facto powiększał formalnie powierzchnię portu (Dz. Urz. Woj. Warmińsko-mazurskiego z 2005 r. Nr 34, poz. 500).. Nowe rozporządzenie Ministra Infrastruktury z 2011 r.