Nazwa utworzona została z łacińskiego słowa monile znaczącego naszyjnik i greckiego słowa φυτόν (phyton) oznaczającego roślinę, w nawiązaniu do budowy anatomicznej przedstawicieli kopalnych. Jej synonimem w języku angielskim jest określenie ferns (paprocie) w szerokim ujęciu.
Wcześniej grupa ta opisana została przez Kenricka i Crane w 1997 jako „infragromada” (ranga nieformalna, nie ujęta w kodeksie nomenklatury botanicznej) Moniliformopses. Ze względu na stosowaną formę łacińską zapisu nazwy i rangę systematyczną jednostek podrzędnych grupa ta bywa przypisywana do rangi gromady.
Systematyka System Smitha i in. (2006) Monilofity nie mają określonej kategorii systematycznej i określane są mianem grupy lub kladu. Smith i in. robią tak z premedytacją, wskazując na generalnie dużą problematyczność w ustalaniu rang taksonomicznych dla monofiletycznych grup w randze wyższej niż klasa. Autorzy ci dzielą Monilophyta na cztery klasy, wskazując Psilotopsida jako bazalną dla pozostałych przedstawionych w politomii: klasa: psylotowe Psilotopsida D.H. Scott, Stud. Foss. Pl., ed. 2: 616, 631, 632. 1909 klasa: skrzypowe Equisetopsida C. Agardh, Classes Pl.: 7. 20 Mai 1825 klasa: strzelichowe Marattiopsida Doweld, Tent. Syst. Pl. Vasc.: vii. 23 Dec 2001 klasa: paprotkowe Pteridopsida Ritgen, Aufeinanderfolge Org. Gest.: 63.