W polskiej części najcenniejszym ze względów przyrodniczych jest Rezerwat Świdwie chroniący tutejsze ptaki: żurawie, wilgi, błotniaki – stawowy i łąkowy, strumieniówki, derkacze, kilka rodzajów gęsi i wiele innych. Rezerwat obejmuje jezioro Świdwie i przyległe do niego bagna. Wokół rezerwatu znajdują się dwie Stacje Ornitologiczne: we wsi Bolków i nad rzeką Gunicą. W puszczy przeważają bory sosnowe i sosnowo-bukowe. Starodrzewy puszczy w pobliżu zbiorników wodnych są siedliskiem bielika.
Na obszarze puszczy występuje niewiele jezior i rzek. Wśród jezior, poza Świdwiem, można wymienić jezioro Piaski, Karpino, Głębokie, Bartoszewo, Piaszynko oraz nadgraniczne: jezioro Myśliborskie Małe, jezioro Myśliborskie Wielkie i Stolsko. Ważniejszymi rzekami przepływającymi przez puszczę są: wspomniane wcześniej Wkra i Gunica oraz Randow, Myśliborka, Osówka, Karwia Struga.
W granicach Szczecina Puszcza tworzy Parki Leśne: Arkoński, Głębokie i Mścięcino oraz Park Kasprowicza.
Niemiecka część Puszczy Wkrzańskiej wchodzi w skład Naturpark Am Stettiner Haff a ochroną przyrody objęto m.in. Friedländer Große Wiese – torfowisko o powierzchni ok. 250 km² leżące ok. 20 km na południowy zachód od Ueckermünde, na terenie powiatów Vorpommern-Greifswald, Mecklenburgische Seenplatte i Vorpommern-Greifswald.