rozpoczął prowadzenie wykładów na Uniwersytecie Lwowskim, w charakterze docenta prawa prywatnego polskiego. W maju 1887 został mianowany profesorem nadzwyczajnym na Uniwersytecie Lwowskim, gdzie pracował w latach 1887–1933. W 1890 został profesorem zwyczajnym prawa polskiego prywatnego i historii prawa polskiegoJan Tęgowski, Genealogia Piastów w historiografii, [w:] O. Balzer, Genealogia Piastów, Kraków 2005, s. 6–7.. Uczniem profesora był m.in. późniejszy prof. Przemysław Dąbkowski.
W 1891 został dyrektorem Archiwum Krajowego Aktów Grodzkich i Ziemskich we Lwowie. W latach 1895–1896 pełnił funkcję rektora Uniwersytetu Lwowskiego.
W 1902 reprezentował rząd Galicji w słynnym sporze pomiędzy Galicją a Węgrami o Morskie Oko w Tatrach. Rozprawa ta miała miejsce przed sądem polubownym w Grazu. Wspierany przez wiele wybitnych osobistości tego okresu, w tym hr. Władysława Zamoyskiego właściciela między innymi dóbr zakopiańskich, dra Aleksandra Mniszek-Tchorznickiego z Sanoka jako sędziego i przewodniczącego delegacjiStefan Stefański, Sanok i okolice. Przewodnik turystyczny, Sanok 1991, s. 48.. Balzer wygrał ten proces i doprowadził do ustanowienia granicy w Tatrach pomiędzy Galicją a Węgrami zgodnej z oczekiwaniami społeczeństwa polskiego.