W 2000 roku Knudsen wrócił do Norwegii i podpisał kontrakt z drużyną Stabæk Fotball. W jego barwach swój debiut zaliczył 8 kwietnia 2000 w przegranym 0:2 domowym spotkaniu z Rosenborgiem Trondheim. W 2002 roku wystąpił ze Stabækiem w Pucharze UEFA, a w 2003 roku zajął z nim 3. miejsce w lidze. W 2004 roku spadł jednak z klubem do drugiej ligi, jednak pobyt w niej trwał tylko jeden sezon i już w 2006 roku Knudsen bronił bramki Stabæku w pierwszej lidze. W 2007 roku został wicemistrzem kraju, a w 2008 roku swoją postawą przyczynił się do wywalczenia pierwszego tytułu mistrzowskiego w historii Stabæku. Wystąpił także w przegranym 1:4 finale Pucharu Norwegii z Vålerenga Fotball.
Na początku 2012 roku zawodnik przeniósł się do klubu Fredrikstad FK.