Historia W średniowieczu historia portu w Elblągu była związana ze Związkiem Hanzeatyckim, z którym wymiana stanowiła 90% globalnych obrotów. Największy historyczny obrót towarowy portu odnotowano w 1936 roku - pół miliona ton w wyniku poprawy koniunktury w III Rzeszy. Po drugiej wojnie światowej i po przejęciu Elbląga przez Polskę, ze względu na uwarunkowania polityczne port nie wrócił już do swej dawnej roli portu morskiego. Formalnie, dopiero w 1952 roku, ustanowiono port morskiRozporządzenie Ministra Żeglugi z dnia 16 lutego 1952 r. ()..
W listopadzie 2007 Zarząd Portu Morskiego w Elblągu, wraz z władzami miasta zainicjował projekt Bałtycka Ukraina, który w swoim założeniu przewiduje m.in. budowę w Elblągu ukraińskiego kompleksu portowego. Inicjatywa nie wyszła ostatecznie poza fazę planów.
W czerwcu 2015 władze Zarządu Portu Morskiego w Elblągu zaprezentowały strategię, w której określono trzy specjalizacje: zalewowa i śródlądowa turystyka wodna, wymiana towarowa z obwodem królewieckim oraz morskie i śródlądowe przewozy dedykowane. W strategii zawarto również program inwestycyjny dla elbląskiego portu, którego łączną wartość określono na ponad 1 mld zł.