Świadczy to o tym, jak bardzo sobie cenił sobie profesor Askenazy Skałkowskiego, skoro wysłał go do jednego ze swoich mistrzów. Mimo krótkiego pobytu w Niemczech, Skałkowski po powrocie przez pewien czas utrzymywał kontakt listowny z prof. Maksem Lehmannem.
Początki kariery naukowej – Uniwersytet Lwowski Następnie Skałkowski rozpoczął pracę do doktoratu o generale Janie Henryku Dąbrowskim. W związku z tymi badaniami przebywał w latach 1902–1903 w Paryżu. Uczył się tam w polskiej szkole w Batignolles, otrzymywał też stypendium kasy im. Mianowskiego. Po powrocie do Lwowa był tylko formalnie w latach 1903–1910 zastępcą nauczyciela w macierzystym IV Gimnazjum. W tym czasie zaangażował się mocno w dalszą działalność polityczną. Był jednym z inicjatorów wydawania organu „Zetu” pisma „Teki”, którego redakcja pierwotnie mieściła się w domu Skałkowskiego. Wobec dużej aktywności politycznej został członkiem Ligi Narodowej w 1904 roku. W roku 1908 był jednym z redaktorów dwutygodnika „Rzeczpospolita”.
W 1906 roku Skałkowski doktoryzował się na podstawie pracy „Jan Henryk Dąbrowski (1755–1818). Część 1: Na schyłku dni Rzeczypospolitej 1755–1795” (Warszawa 1904). Właściwym promotorem pracy był S. Askenazy, przebywający wtedy na kwerendach archiwalnych w Petersburgu. W zastępstwie promotorem został prof. R. M.