Fala aresztowań objęła również Franciszka Smolkę. Aresztowany 29 sierpnia 1841 roku Smolka przez dwa lata siedział sam w małej celi ciężkiego więzienia w pokarmelickim klasztorze i dopiero w trzecim roku więzienia dostał za towarzysza Floriana Ziemiałkowskiego. Co do jego zachowania w świetle istnieją sprzeczne relacje, sam twierdził, że przyznał się tylko do tego, co było już wiadome przesłuchującym. 21 stycznia 1845 odczytano Smolce wyrok skazujący go wraz z 12 towarzyszami na karę śmierci przez powieszenie. Równocześnie jednak (przy wstawiennictwu prezydenta Lwowa – Franza Kriega) ogłoszono mu monarszą amnestię, dzięki której odzyskał natychmiast wolność. Został wszakże pozbawiony praw adwokackich i na razie znalazł zatrudnienie w prywatnych kancelariach. W tym okresie był ciężko schorowany po pobycie w więzieniu. W powstaniu galicyjskim 1846 Edward Dembowski zaoferował mu kierowanie ruchem we Lwowie, zaś otrzymawszy odpowiedź odmowną, groził Smolce szubienicą. Od lata 1847 leczył się u wód w Czechach, Niemczech i Szwajcarii – w Marienbadzie, Helgolandzie i w Vevey nad Jeziorem Genewskim. W tym okresie anonimowo wysyłał korespondencje do lipskiego pisma liberalnego „Grenzboten”.