Benedykt zaakceptował ten wybór i z powodzeniem pomógł zakonowi przyjąć ostrzejszą wersję Reguły życia franciszkańskiego. Był powszechnie szanowany za głębokie, intuicyjne rozumienie teologii i Pisma Świętego i często szukano jego rady. Miał też opinię uzdrowiciela chorych. Te cechy przyciągnęły do niego wielu odwiedzających. Benedykt nigdy nie odmawiał widywania się z nikim, chociaż wolał żyć w ukryciu dla świata. Nie umiał czytać ani pisać, a jednak był doradcą szlachty i możnych, przyjacielem biednych i pokornych, umiał pocieszać wywłaszczonych, a uczonym i teologom wyjaśniać Pismo Świętepalermoviva.it: Il Santo Nero patrono di Palermo.. Pod koniec życia, kiedy został zwolniony ze wszystkich urzędów, chętnie wrócił do skromnych obowiązków kuchennych.
W wieku 63 lat Benedykt zachorował na ciężką chorobę i wkrótce zmarł, podobno dokładnie w dniu i godzinie, które przepowiedział. Został pochowany bardzo uroczyście we wspólnej krypcie za zakrystią kościoła.
Dziś przy wejściu do jego celi w klasztorze w Palermo znajduje się tablica z napisem: „Oto cela, w której mieszkał św. Benedykt” oraz datami jego urodzin i śmierci – 1524 i 1589 (inne źródła podają też rok 1526 jako datę urodzenia).
W roku 1743 papież Benedykt XIV dokonał jego beatyfikacji.