W pierwszych 5 latach istnienia przekształcano ją dwukrotnie. W 1893 roku została sześcioklasową szkołą pospolitą, a cztery lata później trzyklasową szkołą wydziałową połączoną z czteroklasową szkołą pospolitą. Liczba dzieci wzrosła wtedy do ponad 450, a klasy liczyły po 50-60 uczniów. Od samego początku, obok funkcji edukacyjnych, odgrywała rolę wychowawczą. Corocznie odbywały się w niej uroczyste akademie i poranki rozbudzające u młodzieży patriotyzm i zainteresowanie polską historią, sztuką i nauką. Uczczono jubileusz 500-lecia Uniwersytetu Jagiellońskiego (1900), rocznice Adama Mickiewicza (1903), Juliusza Słowackiego (1904), powstania listopadowego (1913), konstytucji 3 maja (1914). Co roku obchodzono urodziny patrona szkoły, cesarza Franciszka Józefa (szczególnie uroczyście 27 listopada 1900 roku – 70. rocznicę urodzin) oraz okrągłe rocznice jego panowania. Dobrze przygotowana kadra nauczycielska stosowała nowoczesne metody nauczania oraz urządzano wycieczki naukowe, np. w 1907 roku do Wieliczki.
Nowoczesny budynek szkoły stał się znakomitym miejscem do organizowania konferencji, szkoleń i lekcji pokazowych dla nauczycieli z całej Galicji. W 1911 powołano lekarza szkolnego mającego "za zadanie czuwać nad zdrowotnością uczniów szkoły".