W 1979 roku Carlos zwróciła uwagę opinii publicznej na kwestie transpłciowości, ujawniając w wywiadzie, że żyje jako kobieta od co najmniej 1968 roku, kiedy rozpoczęła terapię hormonalną, oraz że przeszła operację korekty płci w maju 1972. W tym samym roku (1979) ukazała się płyta , pierwsza pod jej nowym imieniem.
W 1980 Carlos skomponowała ścieżkę dźwiękową do filmu Lśnienie, a w 1982 do filmu Tron.
Na płycie Beauty In the Beast z 1986 Wendy Carlos eksperymentowała z systemem dźwiękowym, wprowadzając nowe podziały tonalne w obrębie oktawy.
W 2005 Wendy Carlos otrzymała nagrodę Lifetime Achievement Award organizacji muzycznej .
Dyskografia jako Walter Carlos 1968 – Switched-on Bach 1969 – The Well-Tempered Synthesizer 1972 – Sonic Seasonings 1972 – A Clockwork Orange (soundtrack) 1974 – Switched-on Bach II 1975 – By Request
jako Wendy Carlos 1979 – Switched-on Brandenburgs 1980 – The Shining: Score Selections (soundtrack) 1982 – Tron (soundtrack) 1984 – Digital Moonscapes 1986 – Beauty in the Beast 1986 – Land of the Midnight Sun 1987 – Secrets of Synthesis 1988 – Peter and the Wolf (z Weirdem Alem Yankovicem) 1992 –