Opodatkowaniu podatkiem tonażowym nie podlega działalność w zakresie: poszukiwań, badań geologicznych oraz wydobycia zasobów mineralnych z dna morskiego; rybołówstwa lub przetwórstwa rybnego; budowy portów morskich, budowy i remontu infrastruktury portowej lub urządzeń portowych; budowy elektrowni wiatrowych; budowy rurociągów przesyłowych na dnie morza; budowy dróg wodnych lub pogłębiania dna dróg i zbiorników wodnych; prac podwodnych; świadczenia usług pilotowych w granicach portów morskich; żeglugi pasażerskiej w granicach portów i przystani morskich; edukacji, badań naukowych, sportu lub transportu rekreacyjnego; eksploatacji statków stale zakotwiczonych lub zacumowanych, które nie posiadają zdolności żeglugowej.
Podstawa Podstawę opodatkowania podatkiem tonażowym stanowi dochód armatora z działalności będącej przedmiotem opodatkowania oraz działalności polegającej na świadczeniu usług w żegludze międzynarodowej. Podstawa opodatkowania ulega obniżeniu o kwotę składek określonych w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych () zapłaconych w roku podatkowym bezpośrednio przez armatora będącego osobą fizyczną lub armatora będącego osobą fizyczną będącą wspólnikiem spółki osobowej na własne ubezpieczenia emerytalne, rentowe, chorobowe oraz wypadkowe oraz osób z nim współpracujących.