Uważa się, że w podtypie choroby przebiegającym z alergią alergeny pokarmowe przechodzą przez śluzówkę i inicjują odpowiedź zapalną, na którą składa się degranulacja komórek tucznych i rekrutacja eozynofilów.
Objawy i przebieg Eozynofilowe zapalenie żołądka i jelit zazwyczaj daje kombinację niespecyficznych objawów przewlekłego zapalenia przewodu pokarmowego, do których należą ból brzucha, nudności, wymioty, biegunka, utrata wagi i wzdęcia. Około 80% pacjentów przejawia objawy przez wiele lat; choroba jest bardzo rzadka, dlatego postawienie rozpoznania EG wymaga wysokiej czujności klinicznej. Niekiedy objawem EG może być ostry brzuch lub niedrożność.
Typ śluzówkowy EG (25-100%) jest najczęstszy; daje objawy zespołu złego wchłaniania i enteropatii z utratą białka. Stwierdza się też utratę apetytu i niedokrwistość. Krwawienie z dolnego odcinka przewodu pokarmowego może być wyrazem zajęcia okrężnicy. Typ mięśniowy EG (13-70%) objawia się niedrożnością odźwiernika lub jelita cienkiego; niekiedy jako niedrożność kątnicy lub wgłobienie Podśluzówkowy typ EG (4,5% – 9% w Japonii,