Ruchem statków nadzoruje i kieruje Kapitanat Portu Szczecin, a infrastrukturą portową administruje Zarząd Morskich Portów Szczecin i Świnoujście SA. Za utrzymanie urządzeń nawigacyjnych toru wodnego Świnoujście–Szczecin i zespołu portowego odpowiada Urząd Morski w Szczecinie (Baza Oznakowania Nawigacyjnego).
W porcie morskim Szczecin działa system kontroli ruchu statków VTS. Z systemu mają obowiązek korzystać jednostki znajdujące się lub zamierzające wpłynąć na obszar VTS Szczecin, których długość statku lub zespołu holowniczego (bądź pchanego) wynosi więcej niż 20 m, a także statki z ładunkiem niebezpiecznym i statki przewożące pasażerów w celu zarobkowym(§24. Przepisy portowe) Zarządzenie Nr 3 Dyrektora Urzędu Morskiego w Szczecinie z dnia 26 lipca 2013 r. (Dz. Urz. Woj. Zachodniopomorskiego z 2013 r., poz. 2932).
Infrastruktura portowa thumb|Dźwigi portowe
Całkowita długość nabrzeży w porcie Szczecin wynosi 23 380 m, z czego 19 833 m nadawały się do eksploatacji. Łączna długość nabrzeży o głębokości powyżej 10,9 m nadających się do eksploatacji wynosiła 1374 m.