Odcinek Odry pomiędzy Zalewem Szczecińskim a wodami portu morskiego Szczecin ma status morskich wód wewnętrznychUstawa z dnia 21 marca 1991 r. o obszarach morskich Rzeczypospolitej Polskiej i administracji morskiej. (), a granice portu morskiego zostały określone przez Ministra Żeglugi w 1957 rokuRozporządzenie Ministra Żeglugi z dnia 4 lutego 1957 r. w sprawie ustalenia granicy terytorialnej morskiego portu handlowego w Szczecinie. ().

Podejście do portu od północy odbywa się torem wodnym Świnoujście–Szczecin, a wejście na obszar portu następuje po minięciu Wyspy Żurawiej, leżącej na północ od wyspy Dębina.

Granice portu stanowią: od północy (Kanał Skolwiński) – teren portu rozciąga się ok. 6 mil wzdłuż brzegów rzeki Odry do Trasy Zamkowej; od południa – Parnica i baseny na południowym końcu Przekopu Mieleńskiego na Zaleskich Łęgach; od wschodu – od nabrzeża Regalica na Regalicy, wschodni brzeg Przekopu Mieleńskiego i rzeki Odry na północ do końca wyspy Dębiny.

Eksploatowane tereny portowe obejmują zachodni brzeg rzeki Odry od Wyspy Żurawiej do Śródmieścia oraz odgałęzienia rzeki: Parnicę i Duńczycę.