We wrześniu 2007 w „Gazeta Wyborcza” ujawniła, że mieszkający na stałe w Warszawie Tomasz Markowski zameldował się fikcyjnie w Bydgoszczy, dzięki czemu pobierał z Kancelarii Sejmu dodatek dla zamiejscowych posłów. W ciągu sześciu lat pobrał z tego tytułu 138 tys. zł nienależnych świadczeń. Tomasz Markowski, początkowo kandydujący do Sejmu w wyborach parlamentarnych z drugiego miejsca na bydgoskiej liście wyborczej PiS, został z niej skreślony jeszcze przed jej rejestracją. Znalazł się również poza partią.
Po publikacji Kancelaria Sejmu wytoczyła posłowi proces cywilny o zapłatę. W sierpniu 2009 Sąd Okręgowy w Warszawie zasądził na jej rzecz od Tomasza Markowskiego dochodzoną sumę. Równocześnie przeciw byłemu posłowi toczył się proces karny o wyłudzenie, również w sierpniu 2009 w pierwszej instancji został uniewinniony od popełnienia zarzucanego mu czynu. W lutym 2010 Sąd Okręgowy w Warszawie uchylił wyrok sądu I instancji, przekazując sprawę do ponownego rozpoznania. W kolejnym procesie ponownie został uniewinniony, a wyrok sądu I instancji ponownie uchylony w instancji odwoławczej. W grudniu 2012 Sąd Rejonowy dla Warszawy-Śródmieścia skazał byłego posła na karę dwóch lat pozbawienia wolności, stosując środek probacyjny w postaci warunkowego zawieszenia jej wykonania.