W 1802 Moguncja utraciła rangę arcybiskupstwa. Następnie w 1803 w wyniku sekularyzacji przeprowadzonej podczas reorganizacji ziem niemieckich (tzw. Reichsdeputationshauptschluss) ostatni elektor moguncki Karol Teodor von Dalberg został przeniesiony do archidiecezji Ratyzbony, zaś ziemie archidiecezji Moguncji leżące na zachodnim brzegu Renu wcielono do Francji. Ziemie na wschodnim brzegu ciągnące się wzdłuż Menu poniżej Frankfurtu nad Menem przyłączono do Hesji-Darmstadt i Nassau, natomiast Eichsfeld i Erfurt stały się częścią Prus.
Diecezja (od 1802) Na mocy konkordatu z 1801 zawartego między Napoleonem I a papieżem Piusem VII utworzono nowe biskupstwo Moguncji (24 listopada 1802), w granicach Cesarstwa Francuzów, którego jurysdykcja została rozszerzona w 1814 na ziemie Wielkiego Księstwa Hesji.
Po klęsce Napoleona i ustaleniu nowego porządku w Europie na kongresie wiedeńskim w 1815 przystąpiono do reorganizacji struktur kościoła katolickiego w Związku Niemieckim. W miejsce zlikwidowanej metropolii Moguncji utworzono metropolię Fryburga Bryzgowijskiego w 1821, której przydzielono jako sufraganię diecezję Moguncji.
Biskupi
Biskup diecezjalny: Peter Kohlgraf