Od tej rundy turniej kwalifikacyjny został podzielony na 2 części – dla mistrzów i niemistrzów poszczególnych federacji: do startu w III rundzie kwalifikacyjnej dla mistrzów uprawnionych było 20 drużyn (w tym 17 zwycięzców II rundy), z czego 10 było rozstawionych; do startu w III rundzie kwalifikacyjnej dla niemistrzów uprawnionych było 10 drużyn, z czego 5 było rozstawionych. Losowanie odbyło się 17 lipca 2009 (godz. 12:00). Ponieważ stało się to przed zakończeniem II rundy, przyjęto założenie, że wszystkie rozstawione drużyny z II rundy wygrają swoje mecze, jeśli zaś nie – zwycięska drużyna nierozstawiona przejmowała współczynnik pokonanego (tak stało się w 5 przypadkach). Pierwsze mecze rozegrano 28 i 29 lipca, rewanże – 4 i 5 sierpnia 2009. Spośród zespołów rozstawionych wyeliminowane zostały: Szachtar Donieck, Slavia Praga, Partizan Belgrad, Dinamo Zagrzeb, BATE Borysów oraz Tallinna FCI Levadia.
Drużyny, które przegrały w tej rundzie, otrzymały prawo gry w rundzie play-off Ligi Europy UEFA.
!colspan=6|Kwalifikacje dla mistrzów
!colspan=6|Kwalifikacje dla niemistrzów
Runda play-off