Ze względu na to, że władza daimyō w prowincji Iga (obecnie zachodnia część prefektury Mie) była stosunkowo słaba, lokalni wojownicy biorąc na siebie ciężar funkcji samorządowych, opracowali metody ninjutsu, aby się bronić.
W późniejszych latach ninja byli zatrudniani zarówno przez siogunów, jak i przez domeny w całej Japonii, otrzymując status samurajów niskiej rangi, chłopów z niektórymi przywilejami samurajów lub zwykłych chłopów. Ci, którzy byli zatrudniani w lokalnych domenach, byli wykorzystywani do uzyskiwania informacji o sąsiednich domenach, czy buntach chłopskich. Byli więc wykorzystywani nadal jako szpiedzy, ale często pełnili funkcje strażników na zamku lub w mieście zamkowym. Wśród tych, którzy pozostawali w wioskach, niektórzy pisali podręczniki (忍術書, ninjutsu-sho) dla następnych pokoleń.
Shinobi działali w okresach Kamakura / Muromachi / Azuchi-Momoyama.
Tematyka zawarta w instrukcjach była niezwykle szeroka: od zasad postawy w stosunku do swoich obowiązków po omówienie szczegółów umiejętności, które obejmowały m.in.: przenikanie, przebranie, interakcję z lokalnymi mieszkańcami, przekonującą mowę, mnemonikę, przekazywanie informacji, walki.