W 1625 na skutek wojny trzydziestoletniej margrabia Halle wyjechał do Danii. Scheidt został wówczas nauczycielem muzyki, a w 1628 dyrektorem muzycznym w Halle. Odpowiedzialny był wtedy za komponowanie utworów na rzecz kościoła Najświętszej Marii Panny. Związany był również z działalnością na rzecz kościoła Św. Maurycego oraz Św. Ulryka. W wieku 40 lat (1627) ożenił się z Heleną Magdaleną Keller. W 1630 stracił posadę dyrektora muzycznego w wyniku sporu z Christianem Geinzem, rektorem gimnazjum. W 1636 z powodu zarazy zmarło czworo jego dzieci. W tym samym roku wydał drukiem czwarty (ostatni) tom muzyki ludowej (Ludi musici). W latach 1631–1640 opublikował cztery tomy koncertów duchowych.
W 1638 Scheidt objął stanowisko kapelmistrza na dworze księcia Augusta saskiego. W 1642 skomponował zbiór ponad 100 madrygałów sakralnych przeznaczonych na 5 głosów oraz Symfonie (Symphonien auff Concerten Manir). Ostatnim wydanym przez Scheidta zbiorem jest księga tabulatur organowych (Görlitzer Tabulatur Buch) opublikowana w 1650. Zawiera ona 100 chorałów organowych w opracowaniu czterogłosowym.