Ofiary były przeważnie wyznania prawosławnego, znaleźli się wśród nich jednak także Świadkowie Jehowy – przynajmniej szesnaście, lub według innych publikacji około trzydzieści osób.
Publicysta Tadeusz Swat utrzymuje, że osoby postronne (spoza listy sporządzonej 21 maja) zginęły w czasie walki, która wybuchła we wsi oraz podczas likwidowania ukrytych we wsi bunkrów. Opierając się na zeznaniach świadków twierdzi, że liczba ofiar nie przekroczyła 50 zabitych. Według tego samego autora po zakończeniu akcji i wycofaniu się zgrupowania „Szarego”, około godz. 18, niezidentyfikowany oddział, podający się za partyzantów, dokonał masakry w Wierzchowinach. Zdaniem Swata wiele wskazuje, iż była to prowokacja władz bezpieczeństwa, mająca na celu zdyskredytowanie NSZ. Inni autorzy sugerują ponadto możliwość dokonania rzezi przez samych okolicznych mieszkańcówJak zauważa M. Bechta, autor wespół z W.J. Muszyńskim pracy nt. Narodowego Zjednoczenia Wojskowego (Przeciwko Pax Sovietica. Narodowe Zjednoczenie Wojskowe i struktury polityczne ruchu narodowego wobec reżimu komunistycznego 1944–1956, Warszawa 2017 (seria „Monografie”, t.