XIX w.) przebudowie Wyspy Młyńskiej, w tym przekopaniu tzw. Kanału Zbożowego. Nazwa młyna, którego budowę rozpoczęto w 1846, pochodzi od nazwiska pruskiego ministra rolnictwa Christiana von Rothera.
Po zakończeniu inwestycji powstał nie tylko masywny budynek produkcyjny z magazynem zbożowym, ale również kotłownia i maszynownia z kominem, spichlerz mączny, przepompownia (dom turbinowy) i przepławki dla ryb. Budynki zostały osadzone na drewnianych palach.
Mielenie zboża na mąkę odbywało się w głównej części młyna za pomocą wielkich kół, napędzanych energią wodną.
Na styku Kanału i Młynówki powstał również drewniany most na ceglanych filarach oraz koła wodne, napędzane wodą z jazu przelewowegoMaciej Kulesza Zobacz, jak teraz wyglądają od środka młyny Rothera.
Młyny Rothera były największymi obiektami tego typu w Bydgoszczy. W II połowie XIX w. istniały ponadto na terenie miasta i okolicy mniejsze młyny: na Czyżkówkuobecnie przebudowany na budynek mieszkalny, SkrzetuskuMłyny Kentzera, obecnie hotel „Słoneczny Młyn” i pięć innych obiektów.
Od 1861 r. młynem zarządzała państwowa spółka Die Königliche Seehandlung Societats zu Berlin. W 1886 r. doprowadzono do młyna energię elektryczną, a w 1901 r. cieśla Schmidt zbudował nowe umocnienia wzdłuż nabrzeża.