W Dolinie Kościeliskiej znajduje się kilka bardzo popularnych i dostępnych turystycznie jaskiń: Jaskinia Mroźna, Smocza Jama, Jaskinia Mylna, Jaskinia Raptawicka i Jaskinia Obłazkowa. Dolina Kościeliska jest największym w całych polskich Tatrach skupiskiem jaskiń, oprócz wymienionych jest jeszcze kilkaset innych jaskiń i schronisk, w tym Jaskinia Wielka Litworowa stanowiąca część najgłębszej i najdłuższej jaskini Polski – Jaskini Wielkiej Śnieżnej.
Flora i fauna W dolinie występują typowe dla Tatr piętra roślinności: regiel dolny, regiel górny, piętro kosodrzewiny i piętro halne. Ponad połowę powierzchni zajmują lasy, około 10% kosodrzewina, pozostałą część polany, hale i obszary skalisto-piarżyste. Bogata flora. Między innymi stwierdzono występowanie rzadkich w polskich Karpatach roślin, jak: irga kutnerowata, tojad Kotuli, podejźrzon rutolistny, turzyca dwupienna, wielosił błękitny, złoć mała. Z rzadszych gatunków roślin warto wymienić także ostróżkę tatrzańską, skalnicę tatrzańska, skalnicę karpacką, ostrołódkę karpacką, jaskra halnego, traganka zwisłokwiatowego. Liczna jest grupa roślin wapieniolubnych, m.in. skalnica zwisła, wierzba żyłkowana i alpejska, traganek wytrzymały, rogownica szerokolistna, mak tatrzański.