Jako Polak nie mógł liczyć na karierę naukową w Austrii, więc – chcąc wykładać filozofię po polsku i dla Polaków – w 1895 przeniósł się na Uniwersytet Lwowski. Efekt jego pracy na uniwersytecie był ogromny: na jego wykłady przychodziło po 2 tysiące osób, w tym wiele przyjeżdżających z innych miast – konieczne więc było wynajmowanie sali koncertowej. Z jego inicjatywy w 1904 powstało Polskie Towarzystwo Filozoficzne, wydające od 1911 „Ruch Filozoficzny”, którego w latach 1911–1936 był redaktorem naczelnym. Na jego wykłady uniwersyteckie („Zarys historii filozofii”, „Zarys logiki”, „Wstęp do psychologii”, „Życie psychiczne a układ nerwowy”, „Rozwój filozofii nowożytnej”), obowiązkowe dla wszystkich studentów Wydziału Humanistycznego i Wydziału Prawa, prowadzone o bardzo wczesnej porze, przychodziły tłumy studentów. Twardowski był świetnym wykładowcą i dydaktykiem. Jak wspomina jeden z jego słuchaczy, Kazimierz Michałowski: Punktualnie o godz. ósmej rano Kazimierz Twardowski przy świetle palników gazowych rozpoczynał swe wykłady z logiki, w największym podówczas audytorium, w starym budynku uniwersyteckim przy ulicy św. Mikołaja, na drugim piętrze. Sala – jak zawsze – była pełna. Biada studentowi, choćby nawet nosił mundur kapitana lub majora, gdyby spóźnił się bodaj o minutę na wykład.