Na początku 1939 roku, w związku z zaostrzającą się po układzie monachijskim sytuacją międzynarodową, został włączony w skład Home Fleet, bazując w Scapa Flow.
Po wybuchu II wojny światowej operował początkowo na północnym Atlantyku przeciwko niemieckim rajderom i łamaczom blokady. Po klęsce Francji przebazowano go do Gibraltaru, gdzie wszedł w skład . W lipcu 1940 roku wziął udział w operacji Catapult – zniszczeniu floty francuskiej bazującej w Mers el-Kébir w Algierii. W następnym miesiącu powrócił do Scapa Flow. 21 maja 1941 roku wypłynął z bazy w towarzystwie pancernika „Prince of Wales”, rozpoczynając tym samym swój ostatni rejs. Trzy dni później brytyjski zespół starł się w Cieśninie Duńskiej z niemieckim pancernikiem „Bismarck” i towarzyszącym mu ciężkim krążownikiem „Prinz Eugen”. Po krótkim pojedynku artyleryjskim na dużym dystansie, celny pocisk spowodował eksplozję wewnętrzną w rufowej części „Hooda”, która całkowicie zniszczyła okręt. Z liczącej 1418 osób załogi uratowano jedynie trzech marynarzy.