W latach 1766–1769 rycerze zakonni przebudowali zamek na pałac w stylu barokowym. Zachowano jednak niektóre elementy wystroju renesansowego – m.in. arkady na podwórzu oraz wieżę zegarową. W 1778 w pałacu gościł cesarz Józef II. W 1801 założono w nim bibliotekę.
W latach 1810–1819 przeprowadzono kolejne prace budowlane – m.in. naprawiano dach, a mury wzmocniono kotwicami. W 1814 pałac odwiedził następca tronu Ferdynand (późniejszy cesarz Ferdynand I Habsburg), a cztery lata później sam cesarz Franciszek I. Między 1838 a 1840 w pałacu powstały dwie nowe klatki schodowe. W 1866 Bruntal okupowały wojska pruskie, a w pałacu urządzono lazaret. W 1880 rezydencję zaszczycił swoją obecnością kolejny monarcha – cesarz Franciszek Józef I.
W XX wieku Na początku XX stulecia wyremontowano wnętrza, rozbudowano kolekcje obrazów oraz bibliotekę. Przeprowadzono też dokładną inwentaryzację. Po upadku państwa Habsburgów państwo czechosłowackie przejęło dobra krzyżackie oraz sam pałac pod swoją administrację. Pałac wraz z majątkiem wrócił do zakonników w 1924. Budowla ponownie stała się rezydencją wielkiego mistrza. Jej część zamieniono na mieszkania.